刘岱被黄巾军所杀。太祖镇守兖州，征召程昱，程昱准备前往，他的同乡人说：“你为什么前后行动不一致？”程昱笑而不答。太祖同程昱交谈后，十分高兴，任命程昱担任寿张县令。太祖率兵征伐徐州，派程昱与荀彧留守鄄城。这时，陈留太守张邈与陈宫等人反叛迎接吕布，郡县纷纷响应，只剩下鄄城、范、东阿三城没有举动。吕布军中来降的人说陈宫将亲自率兵夺取东阿县城，氾嶷则要袭取范城，老百姓和官吏都很害怕。荀彧对程昱说：“现在兖州已经反叛，只剩下这三城了，陈宫等人又重兵威胁，如果没有办法稳定三城官吏百姓的心，那三城也一定会动荡。程君，是百姓的希望，你回去游说他们共同坚守，也许可以稳定军心！”程昱就返回东阿，经过范城时，对范城县令靳允说：“听说吕布拘捕了你的母亲、弟弟和妻儿，作为孝子你心里实在受不了。现在天下大乱，英雄并起，必定会出现能平息大乱的人，这是聪明人需要慎重选择的。得到明主的人昌盛，失去明主的人必定失败。陈宫叛迎吕布而很多城邑都响应，好像能有所作为。但从您这里看来，吕布是个什么样的人呢？吕布性格粗暴而不能团结人，强横而不懂礼仪，只不过凭着个人的勇敢而已。陈宫等人因吕布势力大而勉强结合，不能尽心辅佐他。他们兵虽多，最终必定失败，曹使君智慧谋略当世无二，这大概是天授的吧！你一定要坚守范城，我守卫东阿，我们便可以建立像战国时代齐国将军田单用火牛阵大破燕军一样的功勋。是坚守范城建立功勋，还是违忠从恶使母子都亡呢？希望你仔细考虑！”靳允流泪说：“我不敢有二心。”这时氾嶷在范城，靳允就求见氾嶷，埋伏下士兵将他杀了，回去后率兵坚守范城。程昱又另外派骑兵断绝仓津渡口，陈宫兵到，无法渡过。东阿令枣祗已经率领百姓和士兵，拒城坚守。另外兖州从事薛悌也与程昱同心协力，三城终于得到保全，等待太祖归来。曹操回军，拉着程昱的手说：“如果没有你的努力，我就无处可归了。”于是上表举荐程昱为东平相，让他驻守范城。
太祖和吕布在濮阳交战，屡次失利。当时蝗虫遍地，双方都率军离开了战场，这时袁绍派人游说太祖与自己联合，想让太祖把家迁居到邺县。太祖刚失去兖州，又加上军粮已尽，准备答应袁绍的要求。这时程昱出使刚好返回，被太祖接见，他趁机进行劝说：“我听说您想迁家居邺县，同袁绍联合，果真有此事吗？”太祖答：“是的。”程昱又说：“人们想您大概是遇到困难而害怕了，不然为什么考虑得如此不深远呢？袁绍占领燕赵之地，怀有并吞天下的野心，但可惜才智短浅不能成事。您自己想想能做他的下属吗？您有着龙虎般的威势，怎么可以做出像韩信、彭越那样臣服于人的事呢？现在兖州虽然残破，但还有三城。能战斗的士兵也不下万人，以将军的英武神明，与文若、我等一起将他人收为己用，这样霸王的事业就可以成功了，请您再考虑考虑吧！”太祖就停止了与袁绍的联合。
汉献帝迁都许昌，任命程昱担任尚书。当时兖州还没有安定，又任命程昱为东中郎将，兼任济阳太守，管理兖州政事。刘备丢失徐州后来归顺太祖，程昱劝说太祖杀掉刘备，太祖不听，此事记载在《武帝纪》中。后来太祖又派遣刘备到徐州截击袁术，程昱同郭嘉一道劝说太祖：“曹公前些日子不除掉刘备，我们实在比不上您有这样的气度。现在借给他兵力，他肯定会生二心。”太祖后悔了，派兵追赶未能追上。当时正值袁术病死，刘备到了徐州，杀掉徐州刺史车胄，举兵反叛太祖。不久，程昱升任振威将军。袁绍在黎阳，准备渡黄河南下。这时程昱率七百士兵守卫鄄城，太祖听到袁军南渡的消息后，派人告诉程昱，准备给他增加两千士兵。程昱不同意，禀告太祖说：“袁绍拥兵十万，自以为所向无前。现在看到我兵少，必定会轻视而不来进攻。如果增加我的兵力，袁军经过时必然会进攻，而攻就必然攻克，这样两条战线都会遭受损耗，希望您不要顾虑鄄城！”太祖听从了他的意见。袁绍听到程昱兵少，果然不去进攻。太祖对贾诩说：“程昱的胆量，比古代勇士孟贲和夏育更大。”程昱召集山泽中逃亡的人，从中选得精兵数千，就领兵与太祖会合黎阳讨伐袁谭和袁尚，袁谭、袁尚败走。太祖任命程昱为奋武将军，封为安国亭侯。太祖征伐荆州，刘备逃往吴国。其他人认为孙权肯定要杀刘备，程昱推测道：“孙权刚刚即位，不为海内所畏惧。曹公天下无敌，刚刚夺取荆州，威震江南，孙权虽然有谋略，但不能独当曹公。刘备素有英名，关羽、张飞都是可敌万人的勇将，孙权一定会帮助刘备，来共同抵抗我们的进攻。等患难解除，孙、刘势必分离，但这时刘备得到帮助已羽翼丰满，孙权又无法杀他了。”孙权果然多给刘备兵力，以抵抗太祖。以后中原地区逐渐平定，太祖轻轻拍着程昱的肩背说：“兖州失败后，要是不听你的，我怎么会有今天这样的成功了？”同乡人敬献牛酒聚会相庆，程昱说：“知足的人就不会被羞辱，我可以引退了。”于是自动上表交还兵权，闭门不出。
程昱性情刚直猛烈，与人相交多有抵触。有人告发程昱谋反，太祖给程昱的赏赐待遇更加优厚。魏国建国后，程昱担任卫尉，同中尉邢贞争仪仗、随从，被免职。文帝登基后，又担任卫尉，进封乡侯，增加封地三百户，加上以前的一共八百户。分封他的小儿子程延和孙子程晓为列侯。正准备任用程昱为公时，适逢程昱去世，文帝为之流泪，追赠为车骑将军，谥号肃侯。儿子程武接替程昱的爵位，程武死后，儿子程克继承，程克死后，儿子程良继承爵位。
晓，嘉平中为黄门侍郎。 时校事放横，晓上疏曰：“《周礼》云：‘设官分职，以为民极。’《春秋传》曰：‘天有十日，人有十等。’愚不得临贤，贱不得临贵。于是并建圣哲，树之风声。明试以功，九载考绩。各修厥业，思不出位。故栾书欲拯晋侯，其子不听；死人横于街路，邴吉不问。上不责非职之功，下不务分外之赏，吏无兼统之势，民无二事之役，斯诚为国要道，治乱所由也。远览典志，近观秦汉，虽官名改易，职司不同，至于崇上抑下，显分明例，其致一也。初无校事之官干与庶政者也。昔武皇帝大业草创，众官未备，而军旅勤苦，民心不安，乃有小罪，不可不察，故置校事，取其一切耳，然检御有方，不至纵恣也。此霸世之权宜，非帝王之正典。其后渐蒙见任，复为疾病，转相因仍，莫正其本。遂令上察宫庙，下摄众司，官无局业，职无分限，随意任情，唯心所适。法造于笔端，不依科诏；狱成于门下，不顾覆讯。其选官属，以谨慎为粗疏，以 调为贤能。其治事，以刻暴为公严，以循理为怯弱。外则托天威以为声势，内则聚群奸以为腹心。大臣耻与分势，含忍而不言，小人畏其锋芒，郁结而无告。至使尹模公于目下肆其奸慝；罪恶之著，行路皆知，纤恶之过，积年不闻。既非《周礼》设官之意，又非《春秋》十等之义也。今外有公卿将校总统诸署，内有侍中尚书综理万机，司隶校尉督察京辇，御史中丞董摄宫殿，皆高选贤才以充其职，申明科诏以督其违。若此诸贤犹不足任，校事小吏，益不可信。若此诸贤各思尽忠，校事区区，亦复无益。若更高选国士以为校事，则是中丞司隶重增一官耳。若如旧选，尹模之奸今复发矣。进退推算，无所用之。昔桑弘羊为汉求利，卜式以为独烹弘羊，天乃可雨。若使政治得失必感天地，臣恐水旱之灾，未必非校事之由也。曹恭公远君子，近小人，《国风》托以为刺。卫献公舍大臣，与小臣谋，定姜谓之有罪。纵令校事有益于国，以礼义言之，尚伤大臣之心，况奸回暴露，而复不罢，是兖阙不补，迷而不返也。”于是遂罢校事官。晓迁汝南太守，年四十余薨。 []
郭嘉字奉孝，颍川阳翟人也。 初，北见袁绍，谓绍谋臣辛评、郭图曰：“夫智者审于量主，故百举百全而功名可立也。袁公徒欲效周公之下士，而未知用人之机。多端寡要，好谋无决，欲与共济天下大难，定霸王之业，难矣！”于是遂去之。先是时，颍川戏志才，筹画士也，太祖甚器之。早卒。太祖与荀彧书曰：“自志才亡后，莫可与计事者。汝、颍固多奇士，谁可以继之？”彧荐嘉。召见，论天下事。太祖曰：“使孤成大业者，必此人也。”嘉出，亦喜曰：“真吾主也。”表为司空军祭酒。 []
征吕布，三战破之，布退固守。时士卒疲倦，太祖欲引军还，嘉说太祖急攻之，遂禽布。语在《荀攸传》。 []
孙策转斗千里，尽有江东，闻太祖与袁绍相持于官渡，将渡江北袭许。众闻皆惧，嘉料之曰：“策新并江东，所诛皆英豪雄杰，能得人死力者也。然策轻而无备，虽有百万之众，无异于独行中原也。若刺客伏起，一人之敌耳。以吾观之，必死于匹夫之手。”策临江未济，果为许贡客所杀。 []
从破袁绍，绍死，又从讨谭、尚于黎阳，连战数克。诸将欲乘胜遂攻之，嘉曰：“袁绍爱此二子，莫適立也。有郭图、逢纪为之谋臣，必交斗其间，还相离也。急之则相持，缓之而后争心生。不如南向荆州若征刘表者，以待其变；变成而后击之，可一举定也。”太祖曰：“善。”乃南征。军至西平，谭、尚果争冀州。谭为尚军所败，走保平原，遣辛毗乞降。太祖还救之，遂从定邺。又从攻谭于南皮，冀州平。封嘉洧阳亭侯。 []
